Pytanie:
Kiedy BLAST nie przyrównuje 2 sekwencji DNA?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

To zadanie przez długi czas mnie myliło. Więc myślę, że wy, którzy studiujecie biologię obliczeniową, możecie być zainteresowani. Pierwotne pytanie brzmi:

Znajdź dwie najbardziej podobne sekwencje DNA o długości 20, których Blast używając słowa o długości 5 nie będzie w stanie dopasować.

Dwa odpowiedzi:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

BLAST działa poprzez znajdowanie idealnego dopasowania między sekwencjami o długości równej tej "długości słowa", a następnie powiększanie go w standardowy sposób - jednak bez tego idealnie dopasowanego słowa nie będzie wyrównania.

Więc w twoim przypadku musisz poszukać dwóch sekwencji 20 pz bez wspólnej sekwencji o 5 pz; na przykład:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

i

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
Tak, to jest standardowa odpowiedź. Należy jednak pamiętać, że BLAST działa inaczej z białkiem. Dlatego na chwilę mnie to zdezorientowało.
Czy „długość słowa” == k-krotka?
@StudentT Precyzyjnie k w k-tuple.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nie jestem pewien, czy poprawnie rozumiem BLAST.

Kiedy używasz BLAST w DNA i białkach, są one różne. Istnieje próg T w etapie „wysiewu” białka, co oznacza, że ​​sekwencja wysiewu nie jest idealnie dopasowana. Jednak wydaje się, że nie ma T w kroku rozstawiania i szukamy idealnego dopasowania i rozszerzamy je na sąsiednią sekwencję.

Więc jeśli nie ma dokładnego dopasowania długości słowa 5 między tymi 2 sekwencjami, BLAST nie powiedzie się.

Obawiam się, że nie rozumiem, co próbujesz tutaj powiedzieć. Czy mógłbyś wyjaśnić?


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...