Pytanie:
Ile ludzkich białek ma rozwiązaną strukturę 3D?
Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zastanawiałem się, ile ludzkich białek ma rozwiązaną strukturę 3D. Czy istnieje baza danych zawierająca tylko ludzkie białka? Spojrzałem na pdb, ale nie mogłem znaleźć filtra.

Myślę, że będziesz mieć wiele problemów z redundancją, zwłaszcza jeśli chcesz poznać liczbę unikalnych białek.
@GWW Myślę, że napisanie małego skryptu może pozbyć się nadmiarowości.
Możesz mieć więcej szczęścia, zadając to pytanie na [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
Zauważ, że „rozwiązany” jest bardzo subiektywny. Nie wszystkie struktury są wysokiej jakości, a niektóre z nich są po prostu niepoprawne z powodu błędów eksperymentalnych.
Jest to bardzo tematyczne pytanie z dwóch powodów: Protein Databank akceptuje NMR i struktury krystaliczne białek, które oferują różne stopnie rozdzielczości i dokładności. Struktury te są również nieco subiektywne, ponieważ białko może przyjmować różne konformacje w zależności od odpowiedniego kontekstu biologicznego. Po trzecie, ekstrakcje rozpuszczalnikowe mogą narzucić błędną strukturę.
wiele z tych białek ma tylko jedną lub dwie domeny rozwiązane jako struktury. białka zwierzęce są w ten sposób trudne. w tym miejscu to pytanie staje się trochę trudne, imho.
Cztery odpowiedzi:
#1
+19
Michael Kuhn
2011-12-23 17:17:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

6405 białek mapujących do 5220 genów, według Ensembl.

W BioMart firmy Ensembl, możesz wybrać identyfikator PDB jako odniesienie zewnętrzne. Wyeksportuj wyniki i policz unikalne białka / geny, które mają identyfikator PDB.

#2
+12
Aleksandra Zalcman
2012-01-15 06:06:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

PDB jest dobrym źródłem odpowiedzi na takie pytania, ponieważ umożliwia filtrowanie wyników według wielu dodatkowych parametrów. Aby policzyć i wyodrębnić struktury 3D ludzkich białek:

  1. Otwórz kartę wyszukiwania Zaawansowane w witrynie PDB.
  2. Wybierz opcję Biology -> Organizm źródłowy z menu.
  3. Wpisz Homo sapiens (human) .
  4. Możesz zmniejszyć nadmiarowość, zaznaczając Usuń podobne sekwencje przy n% identyczności poniżej.
  5. Prześlij zapytanie.

Aby dodać dalsze filtry, kliknij Sprecyzuj zapytanie za pomocą Wyszukiwanie zaawansowane . Tam możesz wyodrębnić struktury według daty osadzenia, jakości (np. Rozdzielczość lub współczynniki R dla struktur rozwiązanych metodą dyfrakcji rentgenowskiej), ligandów, klasyfikacji enzymów itp. (Zaznaczając Add Search Criteria )

Poszukiwanie ludzkich białek z usunięciem homologów z 90% odcięciem tożsamości pozwala na pobranie 7117 struktur. Liczba dobrej jakości struktur białek rentgenowskich (rozdzielczość < 2.5A) wynosi obecnie 3964 (z tą samą wartością graniczną tożsamości).

Następnie możesz pobrać pobraną listę lub utworzyć niestandardowe raporty (menu poniżej).

Dobrym narzędziem (używanym również przez PDB) do generowania nienadmiarowych zestawów danych o białkach jest cd-hit.

#3
+3
GWW
2011-12-23 10:45:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Z twoich komentarzy wynika, że ​​nie jesteś przeciwny pisaniu niestandardowych skryptów, więc jedną z opcji byłoby skorzystanie z bazy danych NCBI Structure. Możesz filtrować go według organizmu, a następnie pobrać wyniki jako plik tekstowy / XML. Jeśli potrzebujesz dostępu do nieprzetworzonych danych PDB, możesz następnie pobrać archiwum PDB i przeanalizować te z listy filtrowanej.

#4
  0
PDB annotator
2015-04-19 10:53:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nowy system wyszukiwania PDBe ma odpowiadać właśnie na takie pytania http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/search/index?organism_synonimy:HUMAN&view=macromolecules

pokazuje, że istnieje 6964 unikalnych makrocząsteczek ludzkich z danymi strukturalnymi w PDB.

Oczywiście, wiele będzie fragmentami białek, a nie całą cząsteczką.



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...