Pytanie:
Alternatywne kody genetyczne w nowo zsekwencjonowanych organizmach
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Odmiany standardowego kodu genetycznego są dość rzadkie, ale ponieważ koszt wysokowydajnego sekwencjonowania genomu nadal spada, istnieje większe prawdopodobieństwo wykrycia dodatkowych wyjątków. To powiedziawszy, w projektach genomu kładzie się wyraźny nacisk na sekwencjonowanie nukleotydów (genomu i transkryptomu), przy znacznie mniejszym (jeśli w ogóle) wysiłku włożonym w prace proteomiczne (popraw mnie, jeśli się mylę).

Załóżmy, że sekwencjonujemy genom nowego organizmu i skupiamy się całkowicie na sekwencjonowaniu genomu i transkryptomu - bez proteomiki. Załóżmy również, że ten organizm ma niewielkie różnice w stosunku do standardowego kodu genetycznego. Czy byłoby możliwe opisanie tego genomu (dla genów kodujących białka) całkowicie niepoprawnie, ponieważ oprogramowanie do przewidywania genów nie bierze pod uwagę tych zmian, czy też byłoby to całkiem oczywiste? Czego można się spodziewać w tym przypadku?

Twoje pytanie jest bardzo niejasne. Czy możesz być bardziej konkretny i / lub bardziej konkretny? Istnieje kilkanaście technologii sekwencjonowania, a nawet więcej odmian kodu genetycznego.
Być może niejasność wynika z faktu, że nie wiem, czego się spodziewać, gdybym próbował opisać genom organizmu, który wykorzystuje alternatywny kod genetyczny. Moje podstawowe pytanie brzmi: czy w ogóle byłbym w stanie to powiedzieć? Czy nie wynika to jasno z pierwotnego pytania?
Myślę, że to jasne pytanie.
Trzy odpowiedzi:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeśli organizm używa alternatywnego kodu, przewidywane sekwencje białek zawsze będą zawierały ten sam typ błędów substytucji aminokwasów. Ten wzorzec powinien stać się oczywisty, gdy porównasz białka z innymi organizmami. W rzeczywistości najbardziej powszechny kod alternatywny wykorzystuje UGA dla tryptofanu zamiast zwykłego zatrzymania. Jeśli popełnisz błąd, używając standardowego kodu dla tych genomów, przewidywane geny zostaną silnie pofragmentowane, więc prawie niemożliwe jest, aby tego nie zauważyć.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Masz rację, że trochę się troszczysz, zwłaszcza o genomy mitochondrialne (gdzie częściej występują niestandardowe kody genetyczne). Oprócz stosowania niestandardowych kodów należy również rozważyć edycję RNA (zmienione kodony lub usunięte / wstawione nukleotydy w celu przesunięcia ramek odczytu) oraz specjalne aminokwasy (np. Selenocysteina). Podsumowując, nacisk na sekwencję DNA w celu wywnioskowania struktury białka jest w większości przypadków bezpieczny, ale nie należy być zaskoczonym różnicami (dla poszczególnych genów lub dla całych organizmów).

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Krótka odpowiedź brzmi: tak, możesz skończyć z wieloma błędami. Więcej szczegółów znajdziesz tutaj:

NCBI: „Kody genetyczne”



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...