Odmiany standardowego kodu genetycznego są dość rzadkie, ale ponieważ koszt wysokowydajnego sekwencjonowania genomu nadal spada, istnieje większe prawdopodobieństwo wykrycia dodatkowych wyjątków. To powiedziawszy, w projektach genomu kładzie się wyraźny nacisk na sekwencjonowanie nukleotydów (genomu i transkryptomu), przy znacznie mniejszym (jeśli w ogóle) wysiłku włożonym w prace proteomiczne (popraw mnie, jeśli się mylę).
Załóżmy, że sekwencjonujemy genom nowego organizmu i skupiamy się całkowicie na sekwencjonowaniu genomu i transkryptomu - bez proteomiki. Załóżmy również, że ten organizm ma niewielkie różnice w stosunku do standardowego kodu genetycznego. Czy byłoby możliwe opisanie tego genomu (dla genów kodujących białka) całkowicie niepoprawnie, ponieważ oprogramowanie do przewidywania genów nie bierze pod uwagę tych zmian, czy też byłoby to całkiem oczywiste? Czego można się spodziewać w tym przypadku?