Pytanie:
Dlaczego tak trudno było odszyfrować genom kukurydzy?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Moi nauczyciele, dorastając, powiedzieli mi, że nie da się rozszyfrować genomu kukurydzy. Ale to już zostało zrobione.

Dlaczego dekodowanie genomu było tak ważne i co sprawiło, że było to takie trudne?

Jeśli dobrze pamiętam: jest ogromny i ma wiele powtarzalnych regionów. Bardzo trudno jest dokładnie sekwencjonować powtórzenia * de novo * z dużą wiernością.
Dwa odpowiedzi:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Krótka odpowiedź jest taka, że ​​genom kukurydzy jest duży i ma ogromną liczbę duplikatów. Około 80% genomu jest powtarzanych. Trudno jest zebrać genomy z dużą liczbą duplikacji, ponieważ nasza technologia sekwencjonowania, praktycznie, w najlepszym przypadku, może dać ~ 500 par zasad. Ustalenie kolejności zduplikowanych regionów opiera się na sekwencjach rusztowania lub porównawczym montażu z genomem ryżu.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dlaczego dekodowanie genomu było tak istotne? Ponieważ dekodowanie genomu daje nam pełny obraz budowy genetycznej organizmu.

Co sprawiło, że było to takie trudne ? Powtarzające się sekwencje, o których wspominali inni, są głównym problemem. Wyobrażając sobie, że próbujesz ułożyć wielką układankę z milionami elementów. Każdy fragment reprezentuje odczyty sekwencjonowania, które otrzymujemy z eksperymentu. Jeśli w genomie występują powtarzające się sekwencje, w zasadzie fragmenty reprezentujące te regiony wyglądałyby bardzo podobnie (lub nawet całkowicie identyczne). Niewątpliwie utrudniłoby to ukończenie układanki. Aby dać skalę, genom kukurydzy ma ~ 2,3 miliarda par zasad, a każdy odczyt sekwencjonowania to < 1000 par zasad.



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...