Pytanie:
Czy eukariotyczny RNA zwija się w ten sam sposób u prokariotów?
LanceLafontaine
2013-07-18 22:34:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

O ile wiem, nie istnieją żadne specyficzne czynniki eukariotyczne lub prokariotyczne, które pomagają w fałdowaniu RNA, inne niż środowisko komórkowe (stężenia soli i jonów, rozpuszczone cząsteczki itp.). Czy są jakieś czynniki do rozważenia przy wprowadzaniu eukariotycznego RNA u prokariotów? Czy można przewidzieć właściwy kształt i pofałdowanie po wprowadzeniu do komórki prokariotycznej?

Interesujące pytanie. Stężenia jonów i temperatura z pewnością wpłyną na fałdowanie RNA. Mogą istnieć również inne ograniczenia.
Chaperony RNA również będą inne. Nie jestem pewien, jak bardzo różnią się odpowiednie stężenia jonów, ale stężenie Mg jest z pewnością bardzo ważnym czynnikiem fałdowania RNA. A przy okazji pytasz o strukturę drugorzędną lub trzeciorzędną?
@MadScientist, w moim konkretnym przypadku bardziej interesowała mnie struktura wtórna, ale odpowiedź dotycząca trzeciorzędu byłaby idealna
Szybkie wyszukiwanie w Google: http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12894.html#ref3 może to pomóc
Jeden odpowiedź:
WYSIWYG
2014-11-12 19:33:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jak wspomniałeś, jony i temperatura wpływają na strukturę RNA. Istnieją również różne typy struktur RNA i ich zależność od jonów jest różna. Mg 2+ , jak wspomniał Mad Scientist, stabilizuje dupleksy; podobnie jak kationy monowalentne, takie jak K + i Na + . Jednak Mg 2+ faworyzuje dupleks nad quadrupleksem, jeśli ten sam RNA może przyjąć obie te konformacje. Zależność od temperatury jest przypadkiem trywialnym.

Jony i temperatura powinny być mniej więcej takie same dla prokariontów i eukariontów, chyba że mówimy o ekstremofilach.

Oprócz tych czynników przychodzą mi do głowy dwa inne czynniki, które mogą powodować różnice w strukturze RNA między prokariotami i eukariotami:

  • Osmolity
  • Wiązanie RNA białka / chaperony (wspomniane już w komentarzach Mad Scientist)

Osmolity

wykazano, że TMAO (N-tlenek trimetyloaminy) stabilizuje struktury drugorzędowe RNA. Metabolizm TMAO jest inny u prokariontów i eukariontów.

Z tego artykułu:

Chociaż eukariototy mogą endogennie wytwarzać L-karnitynę, tylko organizmy prokariotyczne mogą katabolizować L-karnitynę 11 . Rola mikrobioty jelitowej w produkcji TMAO z dietetycznej karnityny została po raz pierwszy zasugerowana w badaniach na szczurach; ponadto, podczas gdy produkcja TMAO z alternatywnych trimetyloamin w diecie była sugerowana u ludzi, rola mikroflory w produkcji TMAO z dietetycznej L-karnityny u ludzi nie została jeszcze wykazana 30-32 . Niniejsze badania ujawniają obowiązkową rolę mikroflory jelitowej w produkcji TMAO ze spożytej L-karnityny u ludzi (ryc. 6c)

Nie mogę się upewnić, że wpłynie to na fałdowanie RNA, ale jest to możliwe .

RBP

To jest coś, czego możesz być pewien. Niektóre RNA wymagają odpowiedników białek, aby przyjąć funkcjonalnie zdolną strukturę. W przypadku braku białka mogą nie tworzyć odpowiedniej struktury. Więc jeśli RNA potrzebuje Hfq , musisz wyrazić to w systemie eukariotycznym, w którym chcesz użyć RNA (i odwrotnie).



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 3.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...