Jak wspomniałeś, jony i temperatura wpływają na strukturę RNA. Istnieją również różne typy struktur RNA i ich zależność od jonów jest różna. Mg ²⁺ , jak wspomniał Mad Scientist, stabilizuje dupleksy; podobnie jak kationy monowalentne, takie jak K ⁺ i Na ⁺ . Jednak Mg ²⁺ faworyzuje dupleks nad quadrupleksem, jeśli ten sam RNA może przyjąć obie te konformacje. Zależność od temperatury jest przypadkiem trywialnym.

Jony i temperatura powinny być mniej więcej takie same dla prokariontów i eukariontów, chyba że mówimy o ekstremofilach.

Oprócz tych czynników przychodzą mi do głowy dwa inne czynniki, które mogą powodować różnice w strukturze RNA między prokariotami i eukariotami:

• Osmolity
• Wiązanie RNA białka / chaperony (wspomniane już w komentarzach Mad Scientist)

Osmolity

wykazano, że TMAO (N-tlenek trimetyloaminy) stabilizuje struktury drugorzędowe RNA. Metabolizm TMAO jest inny u prokariontów i eukariontów.

Z tego artykułu:

Chociaż eukariototy mogą endogennie wytwarzać L-karnitynę, tylko organizmy prokariotyczne mogą katabolizować L-karnitynę ^{11 . Rola mikrobioty jelitowej w produkcji TMAO z dietetycznej karnityny została po raz pierwszy zasugerowana w badaniach na szczurach; ponadto, podczas gdy produkcja TMAO z alternatywnych trimetyloamin w diecie była sugerowana u ludzi, rola mikroflory w produkcji TMAO z dietetycznej L-karnityny u ludzi nie została jeszcze wykazana 30-32 . Niniejsze badania ujawniają obowiązkową rolę mikroflory jelitowej w produkcji TMAO ze spożytej L-karnityny u ludzi (ryc. 6c)}

Nie mogę się upewnić, że wpłynie to na fałdowanie RNA, ale jest to możliwe .

RBP

To jest coś, czego możesz być pewien. Niektóre RNA wymagają odpowiedników białek, aby przyjąć funkcjonalnie zdolną strukturę. W przypadku braku białka mogą nie tworzyć odpowiedniej struktury. Więc jeśli RNA potrzebuje Hfq , musisz wyrazić to w systemie eukariotycznym, w którym chcesz użyć RNA (i odwrotnie).